Siendo uno de los pilares del Estado Constitucional y Social de Derecho Colombiano es el reconocimiento y la protección de la diversidad étnica y cultural de la nación, sólo después de transcurridos casi quinientos años desde la fundación de Bogotá, se reconoce la presencia indígena en Bogotá, aunque el POT lo hace de una forma meramente enunciativa, desconociendo que los pueblos y comunidades étnicas, originarias y residentes de Bogotá, constituyen sus propias territorialidades, en cuanto dotan de sentido y significado al territorio.  

La planeación del territorio hasta el momento ha sido de una marcada tendencia centralista y colonial. Este nuevo POT no se diferencia de este carácter, en cuanto las matrices de pensamiento, los sistemas de vida, las cosmogonías, las lógicas y sentidos, los modos de habitar y de ocupar el territorio, desde las visiones propias de los pueblos y comunidades étnicas, permanecen silenciadas y marginadas, cuando deberían ser determinantes en la ordenación del territorio, desde una perspectiva pluralista. 

El Acuerdo Distrital 359 de 2009 y el Decreto 543 de 2011, Política Pública para los Pueblos Indígenas en Bogotá, definieron el Camino del Territorio. Disposiciones que deberían servir de marco de derechos mínimo, punto de partida y de desarrollo del POT en materia de territorialidad étnica en Bogotá. Sin embargo, la propuesta de POT es regresiva en cuanto a la garantía de los derechos al territorio y al hábitat de los pueblos y comunidades étnicas, al mantenerlos al margen de la ordenación del territorio. 

El POT representa una superposición de una determinada territorialidad, a favor de la densificación y la expansión urbana, sobre las territorialidades ancestrales, campesinas y étnicas, que se ordenan entorno a los cuerpos del agua y la naturaleza, como espacios vitales para todas las formas de vida y las generaciones presentes y futuras. 

El POT debería contemplar como punto de partida la concepción ancestral del territorio y su dimensión patrimonial y biocultural para la ordenación del territorio, esto es, el reconocimiento de la actual ciudad de Bogotá como el territorio ancestral del pueblo Muisca, concebido como un sistema de lugares sagrados, ordenado naturalmente por el agua y definido por su valor espiritual, cultural y ambiental. Sin embargo, las disposiciones relacionadas con la memoria y la identidad son marginales en el POT.